Teologická fakulta JU navazuje na kulturní a vzdělávací tradici vyššího teologického a filosofického studia ve městě, která sahá až do počátku 19. století.
Ve své vědecké a pedagogické činnosti se Teologická fakulta zaměřuje na oblast teologie a filosofie, dále na oblast sociální práce a výchovy, kde je kladen důraz na křesťanské, etické a sociální hodnoty.
Uchazeči o studium mají možnost vybrat si z nabídky bakalářských, magisterských a doktorských studijních programů, a také z programů celoživotního vzdělávání.
Absolventi fakulty nalézají uplatnění jak v církevních organizacích zaměřených na vzdělávací, výchovnou a kulturní činnosti, tak ve veřejné sféře zejména jako sociální pracovníci v zařízeních sociální péče a vychovatelé při střediscích volnočasových aktivit.